Para organizar una mutual escolar hay cuatro etapas:
La etapa inicial se divide en investigación y motivación. El objetivo de la investigación es estudiar las necesidades, recursos, posibilidades y expectativas del medio escolar y de la comunidad.
La etapa de motivación se realiza con el objetivo de preparar a los alumnos, docentes, padres e integrantes de la comunidad para detectar cuál es el tipo de institución que los alumnos desean organizar y que mejor se adapta a la realidad escolar.
La segunda etapa es la de evaluación, el objetivo es hacer una evaluación objetiva de los recursos humanos, materiales y de las respuestas emocionales y afectivas de todas las personas involucradas en el proceso.
Tercer etapa: planeamiento y organización provisoria. Su objetivo es continuar realizando actividades de difusión cooperativa, formular los objetivos de la mutual escolar, realizar la suscripción de asociados, redactar el proyecto de estatutos, entre otros.
La última etapa es la Constitución definitiva de la Mutual escolar que tiene por objetivo elegir el presidente y secretario de la Asamblea y distribuir los demás cargos según el Estatuto aprobado.