La organización de una Mutual Escolar se lleva a cabo en varias etapas. Primero, en la etapa de concientización y formación, se sensibiliza a los estudiantes sobre los valores del mutualismo, como la solidaridad y la cooperación. Luego, en la etapa de creación, se definen los estatutos, las normas y la estructura organizativa que regirán a la mutual. Finalmente, en la etapa de funcionamiento y desarrollo, se ponen en marcha las actividades y servicios que ofrecerá la mutual, tales como becas, apoyo solidario, servicios culturales, recreativos y educativos. Las Comisiones de Trabajo juegan un papel clave, ya que permiten la participación activa de los estudiantes en la toma de decisiones y la ejecución de tareas, lo que fortalece su sentido de responsabilidad y trabajo en equipo.
El proceso electoral en la Mutual Escolar tiene una gran importancia en la formación cívica y moral de los estudiantes, ya que los enseña a participar en la vida democrática, a tomar decisiones colectivas y a respetar las reglas de la comunidad. Los órganos de administración (Junta Directiva), fiscalización (Comisión Fiscalizadora) y asesoramiento (profesores y asesores externos) aseguran el buen funcionamiento y la transparencia de la mutual. Además, la mutual brinda ventajas educativas, económicas y sociales, al promover el liderazgo, la gestión, el apoyo financiero y la solidaridad entre los estudiantes. Por último quisiera destacar los servicios de una Mutual Escolar, que van desde: Apoyo económico servicios culturales y recreativos, y servicios educativos como tutorías.